Didžiausias Lietuvoje dirbtinis vandens telkinys yra svarbi migruojančių vandens ir pelkių paukščių poilsio vieta. Šiame dirbtiniame vandens telkinyje sutinkama 25 retų ir nykstančių paukščių, įrašytų į Lietuvos raudonąją knygą, rūšys. Ir per didžiausius šalčius neužšąlanti Nemuno atkarpa žemiau Kauno HE yra svarbiausia vandens paukščių žiemavietė Lietuvos vidaus vandenyse. Kauno mariose sutinkamos 34 žuvų rūšys, iš jų 20 rūšių verslinės. Regioninio parko teritorija yra viena iš nedaugelio Lietuvos vietovių, kur, palyginti nedidelėje teritorijoje, gyvena beveik visos respublikoje retesnių žvėrelių rūšys. Parko teritorijoje gyvena pilkasis ir baltasis kiškiai.

Kauno marių regioniniam parkui, kaip ir visai Lietuvai, būdinga taigos ir plačialapių miškų augalija. Čia vyrauja plačialapiai miškai ir eglynai (P.abies, Q.robur, F.excelsior) bei eglynai su plačialapių miškų elementais. Kauno marių regioninio parko teritorija – tai vandenų ir miškų oazė, kur vyrauja vandens ir miškų augalija. Nemažus plotus (žemės ūkio zonose) užima kultūrinių augalų laukai, segetalinės ir ruderalinės bendrijos. Vandenų augalija yra susikaupusi ne didžiosiose marių platybėse ir ne bangų mūšos plakamų šių platybių pakrantėse, kur dėl bangavimo, srovių, nemažo gylio, vandens augalams augti nėra tinkamų sąlygų...